我校尊重学生的个性化差异，构建了一套分层、分类、个性化和多元选择的课程体系。国际部在满足国家必修课程开足开齐的情况下，开设了中美合作高中课程(AP),由AP预备课程和AP课程组成。每门AP预备课程与AP课程学习周期为一学年，学生可以根据自己的兴趣、水平及专业方向进行自主选课，以满足其个性化学习的需求。

中外合作国际课程融合了中外教育教学的精华，中外教师们秉承先进的教学理念，承担不同的教学模块，发挥各自优势，为学生进入大学及终身学习奠定可持续发展的基础。

北京亦庄实验中学中美合作高中课程是与美国著名私立学校万山赤中学（Wasatch Academy）联合办学。学生通过三年学习达到毕业要求，即可同时获得北京亦庄实验中学高中毕业证与美国万山赤中学（Wasatch Academy）高中毕业证。